Kilmingąją kilmę turintis pavardė „Joneikis“ yra patronimas, sudarytas iš krikšto vardo Jonas ir priesagos -eikis, būdingos Lietuvos rytų (dzūkų) regionui. Tokios priesagos dažnai reiškia giminystės ryšį – galbūt „Jono sūnus“ arba „iš Jono šeimos“.
Istoriniuose šaltiniuose ši pavardė minima nuo XVI a., dažniausiai susijusi su bajorais, valdžiusiais žemes. Žymiausias jos nešiotojas – Mikalojus Joneikis (apie 1520–1585), Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės valstybinis veikėjas, Vitebsko kaštelionas, aktyvus LDK politiniame gyvenime.
Trumpai: tai lietuviška, istoriškai kilminga pavardė, susijusi su vardu Jonas ir turinti savo vietą Lietuvos istorijos veikėjų sąraše.