Pavardė „Jonča“ yra lietuviška, greičiausiai kilusi iš vardo Jonas, pridedant priesagą -ča. Tai patroniminė pavardė, rodanti ryšį su protėviu vardu Jonas.
Istorijoje žymiausias šios pavardės asmuo yra Stasys Jonča (1922–1997) – Lietuvos partizanas, žuvęs Nepriklausomybės kovų dalyvis, apdovanotas Vyčio Kryžiaus ordinu.