Tai viena dažniausių lietuviškų pavardžių, kilusi iš krikšto vardo Jonas. Ji yra patroniminė, t. y. sudaryta iš tėvo vardo (Jonas) ir priesagos -aitis, reiškiančios sūnų. Taigi pirminė reikšmė – „Jono sūnus“.
Įžymūs žmonės su šia pavarde:
Mindaugas Jonaitis – futbolininkas.
Algimantas Jonas Jonaitis – politikas, buvęs LR socialinės apsaugos ir darbo ministras.
Jonas Jonaitis – rezistentas, vienas Lietuvos laisvės kovų dalyvių.
Valdemaras Jonaitis – buvęs krepšininkas.
Pavardė labai paplitusi, todėl jos nešiotojų galima rasti įvairiose veiklos srityse.