Tai moteriška pavardė, kilusi iš vyriškos formos „Jonaitis“. Ji nurodo, kad moteris yra ar buvo ištekėjusi už Jonaicio. Pavardė yra patroniminė, dažniausia Lietuvoje.
Įžymūs žmonės su šia pavardė:
Ona Jonaitienė – pedagogė, visuomenės veikėja, viena pirmųjų lietuvių moterų, gavusių aukštąjį išsilavinimą.
Zita Jonaitienė – žurnalistė, redaktorė, ilgametė žurnalo „Moteris“ vyr. redaktorė.
Stanislava Jonaitienė – choro dirigentė ir pedagogė.