Lietuviškos pavardės „Jaujininkas“ kilmė siejama su žodžiu jauja (kreivas medis, šakota rąstiena) arba jaujinis (iš lenk. jownik – „beržynas“). Tai galėjo rodyti gyvenamąją vietą (pavyzdžiui, miškingą vietovę) arba žmogaus užsiėmimą, susijusį su mediena.
Istoriniuose šaltiniuose minimas Mykolas Jaujininkas – vienas iš 1863 m. sukilimo Lietuvoje dalyvių.
Trumpai: pavardė atspindi ryšį su mišku ar medžio apdirbimu, o istorijoje žinomas sukilėlis Mykolas Jaujininkas.