Lietuviška pavardė „Jakubonis“ kilusi iš vardo Jokūbas (hebrajiškas Jakovas). Tai patroniminė pavardė, reiškianti „Jokūbo sūnus“ arba „iš Jokūbo“. Pavardė paplitusi Lietuvoje, ypač Aukštaitijoje.
Žymiausias jos nešiotojas – poetas, vertėjas, eseistas Sigitas Geda (tikrasis vardas Sigitas Jakubonis). Kiti žinomi žmonės su šia pavardė: skulptorius Robertas Antinis (mergautinė motinos pavardė Jakubonytė), politikas Kęstutis Jakubonis.