Pavardė „Jakubkis“ yra lietuviška, kilusi iš vardo Jokūbas (lenk. Jakub). Tai patroniminė pavardė, reiškianti „Jokūbo sūnus“ arba „kilęs iš Jokūbo“. Lietuvoje žinomi šios pavardės žmonės:
- Henrikas Jakubkis – aktorius.
- Leonas Jakubkis – architektas.
- Vladas Jakubkis – politikas, buvęs LR susisiekimo ministras.
Pavardė dažniausia Lietuvoje, ypač Vilniaus ir Utenos apskrityse.