Pavardė „Jakubinas“ kilusi iš vardo Jokūbas, reiškia „Jokūbo sūnus“ arba „priklausantis Jokūbui“. Lietuvoje žinomi šios pavardės žmonės – politikas Kęstutis Jakubynas, verslininkas Mindaugas Jakubynas. Pavardė dažnesnė Rytų ir Vidurio Europoje.