Tai lietuviška pavardė, kilusi iš asmenvardžio Jokūbas (hebrajiško Jakobo trumpinys). Dažniausiai reiškia „Jokūbo sūnus“ arba „iš Jokūbo (giminės)“.
Įžymūs žmonės su šia pavarde:
Arūnas Jakniūnas – geografas, kartografijos profesorius.
Rimvydas Jakniūnas – dailininkas, grafikas.
Vytautas Jakniūnas – poetas, eseistas.