Pavardė „Jagunas“ yra lietuviška, greičiausiai kilusi iš vardo Jagintas (vyriškas vardas, siejamas su žodžiu „jega“ – jėga, galia) arba iš jo trumpinių Jagutis, Jagunis. Tai patroniminė pavardė, rodanti giminystės ryšį (pvz., „Jaguno sūnus“). Kartais gali būti sietina su žodžiu jagu (įnirtingas, užsispyręs).
Istorijoje žymiausias šios pavardės asmuo – Adomas Jagelis-Jagunas (1849–1900), Lietuvos kultūros veikėjas, publicistas, knygnešys, aktyvus tautinio atgimimo dalyvis.