Kilusi iš žodžio „gydytojas“, ši pavardė nurodo senąjį gydymo amato paveldėjimą. Istoriškai ji buvo paplitusi Lietuvos Didžiojoje Kunigaikštystėje. Tarp žymių jos turėtojų yra:
Antanas Gydaitis (1865–1937) – kunigas, visuomenės veikėjas, vienas iš laikraščio „Varpas“ steigėjų.
Vytautas Gydaitis (g. 1935) – choro dirigentas, pedagogas, ilgametis Vilniaus universiteto Menų fakulteto dekanas.
Pavardė tiesiogiai siejama su medicinos ir žmonių gydymo tradicija.