Lietuviškos kilmės pavardė, greičiausiai kilusi iš asmenvardžio Gina (trumpinys iš Ginvilas, Gintaras ar pan.) su priesaga -aitis, nurodančia sūnų. Taigi, Ginaitis reiškia Ginos sūnus.
Įžymūs žmonės:
Vytautas Ginaitis – choro dirigentas, pedagogas.
Linas Ginaitis – krepšininkas.
Ričardas Ginaitis – politikas, buvęs Seimo narys.