Lietuviškos kilmės pavardė, greičiausiai kilusi iš žodžio gembė (šaknis, gumbas, išgaubimas) arba gemba (šakotas medis, šaka). Galimai rodė žmogų, gyvenusį prie išsiskiriančio medžio arba kalvotoje vietovėje.
Istorijoje žymi Gembūtų giminė – Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės bajorai, valdę Žemaitijoje (pvz., Gembūtų dvaras). Iš jų kilo:
- Jonas Gembūtas – LDK valstybinis veikėjas, Vitebsko vaivada (XVI a. pabaiga – XVII a. pradžia).
- Petras Gembūtas – Žemaitijos seniūno pavaduotojas (XVII a.).
Šiandien pavardė reta, bet išlikusi kaip istorinio paveldumo dalis.