Pavardė „Gebenius“ kilusi iš lotyniško žodžio „hebenus“, reiškiančio „ebeno medis“ (tamsaus medienos medis). Tai galėjo būti pravardinės kilmės, nurodanti tamsesnį odos spalvą arba susijusi su medžio apdirbimu. Lietuvoje pavardė minima nuo XVI a., dažniausia susijusi su evangelikų liuteronų kunigais ir mokslininkais. Žymiausias atstovas – Friedrichas Gebenius (1786–1844), vokiečių teologas, filosofas ir Rygos universiteto profesorius, garsėjęs savo akademine veikla Baltijos regione.