Lietuviškos kilmės pavardė, kilusi iš žodžio gaidukas (jaunas gaidys, gaidukas) arba gaidukonis (žmogus, auginantis gaidukus). Tai yra patroniminis darinys, rodantis ryšį su tėvu, kurio pravardė ar užsiėmimas buvo susijęs su gaidukais.
Įžymūs žmonės:
Kęstutis Gaidukonis – Lietuvos krepšininkas.
Vytautas Gaidukonis – Lietuvos futbolo treneris ir žaidėjas.