Lietuviškos kilmės pavardė, kurią galima sieti su žodžiu „bonkoti“ – tai reiškia kumščiuoti, daužyti. Pavardė greičiausiai kilo kaip pravardė stipriam, mėgstančiam muštis žmogui.
Įžymūs žmonės su šia pavardė:
Jonas Bonkotas – Lietuvos karinis veikėjas, pulkininkas.
Povilas Bonkotas – Lietuvos agronomas, žemės ūkio organizatorius.