Pavardė „Bonakeris“ yra lietuviška, greičiausiai kilusi iš žodžio „bonaka“ – tai buvo medinis indas, skystiems produktams laikyti. Tokią pavardę galėjo gauti amatininkas, gaminęs bonakas, arba jos savininkas.
Įžymiausias šios pavardės žmogus – Kazys Bonakeris (1897–1961), Lietuvos karinis veikėjas, pulkininkas. Jis buvo vienas iš Lietuvos kariuomenės kūrėjų, tarnavo Krašto apsaugos ministerijoje, vadovavo štabams. Sovietų okupacijos metais buvo represuotas ir kalintas.