Lietuviška pavardė „Boltrušaitis“ yra patroniminė, kilusi iš vardo „Boltrušas“. Šis vardas – lietuviška „Baltruso“ (iš baltųjų vardų šakies, pvz., Baltras, Baltramiejus) trumpinio „Boltrušas“ forma. Galūnė „-aitis“ nurodo sūnų arba kilimą iš tam tikro žmogaus, t.y., „Boltrušo sūnus“.
Istoriškai žymiausias šios pavardės asmuo – Juozas Boltrušaitis (1903–1990), Lietuvos ir JAV dailės istorikas, profesorius, vienas žymiausių XX a. lietuvių mokslininkų, specializavęsis viduramžių ir bizantinėje meno istorijoje. Taip pat žinomas jo sūnus Jurgis Boltrušaitis (g. 1944), JAV architektas ir menotyrininkas.