Lietuviška pavardė „Bernatonis“ kilusi iš asmenvardžio Bernardas (lotyniškas Bernardus, iš germaniško „Bernhard“ – „meškos kietumas“ arba „drąsus kaip meška“). Dažniausiai pavardė galėjo susidaryti pridedant priesagą -onis, nurodančią kilmę arba ryšį su tam tikru asmeniu (pvz., „Bernardo sūnus“ arba „iš Bernardo šeimos“).
Įžymūs žmonės su šia pavarde:
Vytautas Bernatonis – Lietuvos politikas, buvęs sveikatos apsaugos ministras.
Darius Bernatonis – Lietuvos futbolo treneris ir buvęs žaidėjas.
Jonas Bernatonis – dailininkas, tapytojas ir grafikas.
Trumpai: pavardė atsirado iš vardo Bernardas, žymi ryšį su juo, o garsiausi jos turėtojai – politikas Vytautas Bernatonis ir sporto bei meno atstovai.