Lietuviškos kilmės pavardė, kurią sudaro dvi dalys: „Benekera“ (tikriausiai asmenvardis arba vietovardis) ir priesaga „-aitis“, rodanti sūnų arba kilmę. Tai patroniminė pavardė, galimai kilusi iš Baltarusijos ar Lenkijos teritorijų, kur gyveno lietuvių bendruomenės.
Įžymiausias jos nešiotojas – Algirdas Benekeraitis (1934–2019), Lietuvos architektas, urbanistas, vienas iš Vilniaus senamiesčio atkūrimo ir apsaugos pradininkų.