Lietuviškos kilmės pavardė, kildinama iš žodžio „bekeris“ (vok. Bäcker – kepėjas). Tai buvo profesinis pavadinimas, nusakęs kepėjo amatą. Gali būti susijusi su vokiškais ar lietuviškais šaknimis, atsiradusi per kontaktus su Vokiečių ordinu ar vėlesnę germanizaciją.
Įžymūs žmonės:
Marius Bekeris – Lietuvos irkluotojas, olimpinis čempionas.
Vytautas Bekeris – Lietuvos architektas.
Algimantas Bekeris – žinomas Lietuvos chirurgas.
Trumpai: pavardė kilusi iš kepėjo profesijos, žinoma dėl sportininkų, architekto ir gydytojo.