Barnatonis – lietuviška pavardė, greičiausiai kilusi iš asmenvardžio Barnat (galbūt slaviškos kilmės, susijusio su vardu Barnabas). Gali būti sudaryta su priesaga „-onis“, nurodančia kilmę ar paveldėjimą.
Įžymiausias jos nešiotojas – Jonas Barnatonis (1904–1986), Lietuvos žurnalistas, redaktorius, visuomenės veikėjas, ilgametis išeivijos laikraščio „Draugas“ vadovas.