Pavardė „Bapkauskas“ yra lietuviška, kilusi iš asmenvardžio „Bapkaus“ (galbūt iš Baltko arba Babelio) su priesaga „-auskas“, nurodančia kilmę arba paveldėjimą. Tai patroniminė pavardė, reiškianti „Bapkaus (arba panašaus vardo asmens) sūnus“.
Istorijoje žymiausias šios pavardės asmuo yra Juozas Bapkauskas (1893–1962) – Lietuvos karinis veikėjas, pulkininkas, aktyvus dalyvavimas nepriklausomybės kovose.