Kilusi iš Lietuvos žemaitiškos kilmės. Pavardė greičiausiai susijusi su žodžiu „banikas“ – tai buvo karaliaus ar didiko rūmų prižiūrėtojas, valdytojas, ūkininkas. Galimas ir ryšys su asmenvardžiu Banys.
Istorijoje žinomi keli garsūs šios pavardės žmonės:
Jonas Banikonis – Lietuvos karinis veikėjas, pulkininkas.
Povilas Banionis – žymus aktorius (pavardė kildinama iš tos pačios šaknies, tik su kaita).
Trumpai: pavardė kilusi iš pareigų ar asmenvardžio, siejama su valdymu ar ūkiu.