Pavardė „Baltušnikaitis“ kilusi iš asmenvardžio Baltušnikas, kuris savo ruožtu siejasi su baltų genties vardu arba žodžiu „baltas“. Tai yra lietuviška pavardė, dažniausiai paplitusi Rytų Lietuvoje (Alytaus, Vilniaus regionuose). Garsiausias jos turėtojas – Giedrius Baltušnikaitis, Lietuvos karinis veikėjas, pulkininkas, vadovavęs Krašto apsaugos savanorių pajėgoms. Pavardė gali būti ir moteriška – Baltušnikaitė.