Lietuviškos pavardės „Baltrukonis“ kilmė siejama su žodžiu „baltrukonis“ – taip vadinamas žmogus, turintis baltus plaukus, dažniausiai vyresnio amžiaus. Tai buvo pravardinė pavardė, galėjusi atspindėti išorinį požymį.
Įžymūs žmonės su šia pavarde:
Stasys Baltrukonis – Lietuvos karinis veikėjas, pulkininkas.
Vytautas Baltrukonis – Lietuvos agronomas selekcininkas, darbo herojus.
Irena Baltrukonienė – Lietuvos teatro aktorė.
Pavardė paplitusi Lietuvoje, ypač Žemaitijoje.