Baltrajūnas – lietuviška pavardė, kilusi iš žodžių „baltas“ ir „rajonas“ (plotas, vieta). Ji gali reikšti asmenį, gyvenantį ar kilusį iš balto, šviesaus ar gana atviro krašto.
Įžymūs žmonės su šia pavardė:
- Kazys Baltrajūnas (1904–1994) – Lietuvos karinis veikėjas, pulkininkas.
- Valdas Baltrajūnas (g. 1953) – Lietuvos irkluotojas, olimpietis.
- Algirdas Baltrajūnas (g. 1958) – Lietuvos irkluotojas, pasaulio čempionas.
Pavardė dažniausia Lietuvoje, ypač Aukštaitijoje.