Lietuviška pavardė „Balnaitis“ yra patroniminė, kilusi iš vardo Balnys (retas vyriškas vardas, siejamas su žodžiu „balnas“ – balnas, balnelis). Galutinė dalis „-aitis“ nurodo sūnų arba kilimą iš tam tikro asmens (pvz., Balnio sūnus).
Istorijoje žymiausias šios pavardės asmuo yra Juozas Balnaitis (1901–1946) – Lietuvos karinis veikėjas, pulkininkas, aktyvus rezistentas pokario metais.