Balčiūnaitis – lietuviška pavardė, kilusi iš vardo Balčiūnas (asmenvardžio Baltramiejus trumpinys). Ji reiškia „Balčiūno sūnus“.
Įžymūs žmonės su šia pavardė:
Kazys Balčiūnaitis (1909–1987) – dailininkas tapytojas.
Marius Balčiūnaitis (g. 1979) – futbolo žaidėjas ir treneris.
Tomas Balčiūnas (g. 1990) – futbolo puolėjas.