Kilusi iš krikšto vardo Bonifacas, kuris lotyniškai reiškia „gerosios lemties žmogus“. Pavardė galimai susiformavo kaip patronimas (iš tėvo vardo) arba per pravardę.
Žinomi pavadėninkai:
Marius Bakonis – Lietuvos teatro ir kino aktorius.
Vytautas Bakonis – Lietuvos architektas, visuomenės veikėjas.