Pavardė „Baknys“ yra lietuviška, kilusi iš žodžio baknis – žmogus, kuris bakstosi, smulkiai dirba, taip pat gali reikšti lėtą, nerangų asmenį. Tai viena iš daugelio lietuviškų pavardžių, susijusių su žmogaus charakterio bruožais ar veikla.
Žymiausias jos nešiotojas – Andrius Baknys, buvęs LR specialiųjų tyrimų tarnybos (STT) viršininkas, taip pat politinis veikėjas. Kitas žinomas asmuo – Juozas Baknys, Lietuvos karinis veikėjas, pulkininkas.
Trumpai: pavardė kilusi iš žodžio „baknis“ (smulkus, lėtas darbininkas), žymiausi asmenys – Andrius ir Juozas Baknys.