Lietuviška pavardė „Bakiūnas“ kilusi iš asmenvardžio Bakys, kuris savo ruožtu greičiausiai yra trumpinys iš krikšto vardo Baltramiejus (Bartas, Bartkus). Tai patroniminė pavardė, reiškianti „Bakio sūnus“.
Garsiausias jos turėtojas – Vytautas Bakiūnas (1930–2021), Lietuvos teatro režisierius, ilgametis Kauno valstybinio akademinio dramos teatro direktorius ir meno vadovas.