Kilusi iš asmenvardžio Bagdonas, kuris – savo ruožtu – yra baltiškas Bogdano atmaina. Ši šaknis siejama su slavišku vardu Bogdanas, reiškiančiu „dievo duotas“.
Įžymūs žmonės su šia pavarde:
Kazys Bagdonas – Lietuvos skulptorius.
Jonas Bagdonas – žinomas Lietuvos architektas.
Valdas Bagdonas – profesionalus dviratininkas, olimpinis medalininkas.
Trumpai tariant, tai – lietuviška pavardė, kilusi iš seno asmeninio vardo, turinčio religinę reikšmę.