Babonaitis – lietuviška pavardė, kilusi iš asmenvardžio Babonas (greičiausiai iš žodžio "boba", t. y. moteris, senutė). Tai patroniminė pavardė, reiškianti "Babono sūnus".
Įžymūs žmonės su šia pavarde:
Vytautas Babonaitis – žurnalistas, redaktorius.
Algirdas Babonaitis – ekonomistas, buvęs LR finansų ministras.
Stasys Babonaitis – teisininkas, politinis veikėjas.