Pavardė „Atnaras“ kilusi iš lietuviško vyriško vardo Atnaras, kuris yra Andriejaus arba Andriaus trumpinys. Tai patroniminė pavardė, rodanti, kad pirmasis jos turėtojas buvo susijęs su žmogumi vardu Atnaras (t. y. „Atnaro sūnus“ arba „iš Atnaro“).
Istorijoje žymių žmonių su šia pavarde nėra plačiai žinomų, ji nėra dažna. Gali būti sutinkama kaip vietovardis (pvz., Atnaragis – ežeras Lietuvoje).