Pavardė „Aidūnas“ yra lietuviška, kilusi iš vardo Aidas, kuris savo ruožtu siejamas su baltiškuoju dievo vardu Aidas arba Aidis. Tai gali reikšti „tas, kuris priklauso Aidui“ arba būti patronimine forma. Pavardė dažniausiai sutinkama Lietuvoje.
Iš jos kilę žymūs žmonės – poetas ir vertėjas Vytautas Aidūnas (g. 1946 m.), žinomas eilėraščių ir iš lenkų kalbos verstos poezijos.