Aidukynas – lietuviška pavardė, kilusi iš asmenvardžio Aidas, kuris siejamas su lietuviškuoju vardu Aidas arba germaniškuoju Haid. Priesaga -kynas nurodo kilmę arba ryšį, galimai reiškia „Aido giminės, palikuonis“.
Istoriniuose šaltiniuose minima, kad ši pavardė buvo paplitusi Žemaitijoje. Iš žymių šios pavardės žmonių išsiskiria kunigas ir visuomenės veikėjas Motiejus Aidukynas (1845–1911), aktyvus spaudos draudimo laikotarpio knygnešys.
Pavardė Aidukynas yra gana reta, tačiau turi aiškią lietuvišką struktūrą ir istorinį pagrindą.