Tai lietuviška moteriška pavardė, kilusi iš vyriškos formos „Daujotas“. Ji yra patroniminė, t. y. sudaryta iš tėvo vardo (Daujotas) ir priesagos „-aitė“, nurodančios dukterį. Pavardė reiškia „Daujoto duktė“.
Žymiausias jos nešėjas – Petras Daujotas (1850–1919), kunigas, publicistas, tautosakininkas ir vienas iš pirmųjų lietuviškos spaudos platintojų. Jo dukters, pavyzdžiui, Paulės Daujotaitės, vardu ši pavardė įgijo atpažįstamumą.